国家自然科学基金委员会在2010年度项目申请集中接收期间共接收各类项目申请115,179项，经初步审查受理111,047项。根据《国家自然科学基金条例》、国家自然科学基金相关类型项目管理办法的规定和专家评审意见，决定资助23,733项，不予资助84,339项，其余项目正在评审过程中。资助项目数比2009年同期增长5,875项，项目数增长幅度为32.9.%。
在2010年度国家自然科学基金集中接收期，我校共申请了1,641项，较2009年增长227项。经过同行专家评议及会议评审，目前已公布442项获资助项目，批准项目数较2009年同期增加123项，增长幅度为38%，获资助项目数位列全国高校第五。获资助经费15684.2万元，较2009年同期获资助经费（10965.2万）增长43%(以上批准项目数据尚不包含国家杰出青年基金项目)。
2010年我校共获得面上项目255项，较2009年增长75项；青年基金159项，较2009年增长40项。重点项目10项，重大国际合作项目4项，重大研究计划6项(含1项重大研究计划重点项目)，科学仪器专项1项，海外及港澳学者合作研究基金4项，联合资助项目2项，其他专项项目1项。
获得国家自然基金经费总额前五位的单位是：上海医学院(2013万)，附属中山医院(1423万)，附属华山医院(1316万)，生命科学学院(1207万)以及信息科学与工程学院(931万)。
获得面上项目、青年科学基金项目数前五位的单位是：上海医学院43项，附属中山医院40项，附属华山医院39项，生命科学学院33项，信息科学与工程学院29项。
获得面上项目、青年科学基金项目增长最快的五个单位是：附属中山医院增长16项(2009年24项)，上海医学院增长15项(2009年28项)，生命科学学院增长12项(2009年21项)，信息科学与工程学院增长11项(2009年18项)，附属华山医院(2009年29项)、附属肿瘤医院(2009年7项)、材料系（2009年3项）均较去年增长10项。
获得重点项目的项目负责人为：陈恕行(数学科学学院)，张远波(物理系)，邵正中(高分子系)，丁建东(高分子系)，赵世民(生命科学学院)，汤其群(上海医学院)，孙凤艳(上海医学院)，樊嘉(附属中山医院)，胡仁明(附属华山医院)，徐彦辉(附属肿瘤医院)。
获得重大国际合作研究计划的项目负责人为：顾建新(上海医学院)，高艳琴(上海医学院)，孙惠川(附属中山医院)，孙兴怀(附属五官科医院)。2009年我校首次获得自然科学基金委该类型项目，项目负责人为李大金(附属妇产科医院)。